5°3D studio max. 

3D studio max es un programa de desarrollo y contrucción de archivos e animaciones en 3d, (a mi parecer el mejor) con buenas interfaces amigables con sus propietarios, es un software desarrollado por Autodesk de licencia propietaria, pero para estudiantes dse puede descargar gratuitamente.
 Ejemplos: 

http://www.youtube.com/watch?v=YqWoprAeYuc&feature=related
http://www.youtube.com/watch?v=rdeEAXTF21c&feature=BFa&list=UU8PAK1s5GbigYRon6CYOwWg&lf=plcp

4°Pencil. Pencil es un programa para hacer animaciones digitales en 2D gratuito, es Open Source y es compatible con Mac, Windows y Linux,además es facil de usar.
Ejemplos:

http://www.youtube.com/watch?v=CGrRC7F3YW4

3°Scratch. 

Scratch es un software de animación libre que permite además de crear animaciones en 2d videos, juegos y presentaciones. Si no estoy mal su desarrollador es linux. Ejemplos de proyectos : http://scratch.mit.edu/

ejemplo de scratch

 http://scratch.mit.edu/

2°Flash 8.

 Flash 8 es un programa más difícil, permite crear animaciones 2d, tiene un mayor peso virtual, pero es una de las mejores herramientas para trabajar animaciones.Este sí es un programa con licencia.
Su casa desarrolladora es Adobe

Ejemplo de Flash 8 http://www.youtube.com/watch?v=Fg0bfomgUu8
http://www.youtube.com/watch?v=nEJQGG-fxj0

PIVOT 4.1

1° Pivot. 

Pivot es un programa de animación en 2d, muy fácil de usar, con libre licencia y de bajo peso virtual. Ejemplo 

Ejemplo de pivot : http://www.youtube.com/watch?v=j0VYVQQLI2Q

Esta es la entrada de el Blog sobre animación digital, en este se mostraran diferentes desarrollos y desarrolladores de software libres o personales que pueden ser de utilidad si se está interesado en este tema